Die Querschnittsthemen beschäftigen sich mit übergreifenden, zwischen Themen- und Handlungsfeldern (nicht zuletzt den Fokusthemen) liegenden Fragen transformativer Stadtentwicklung. Die Klammer für die von SynVer*Z angebotene und organisierte Vernetzung zu Querschnittsthemen der BMBF-geförderten Zukunftsstadt-Forschung bildet das Thema „Urbane Innovationen und Transformationen“. Die Querschnittsthemen strukturieren damit zugleich die Synthesearbeit von SynVer*Z.

Im Zentrum der gemeinsamen Reflexion stehen insbesondere die Innovationsbedingungen und Umsetzungshindernisse sowie Synergien und Konflikte zwischen Handlungsfeldern. Damit bilden die Querschnittsthemen zugleich eine Brücke zur SynVer*Z-Wirkungsforschung und stehen mit ihr im Wechselspiel, indem einerseits die Anlässe, Akteurskonstellationen, Strategien und Prozesse, andererseits die Möglichkeiten der Wirkungsverstärkung und -verstetigung beleuchtet werden.